依其官網，目前美軍印太司令部下設有四種類型的組織機構，分別是美國陸軍太平洋、太平洋艦隊、太平洋空軍和美國海軍陸戰隊太平洋4個軍種組成部隊司令部，美國特種作戰太平洋1個職能組成部隊司令部；駐日美軍和駐韓美軍2個下屬聯合司令部；太平洋聯合情報中心、災難管理和人道主義救援卓越中心2個直接報告單位；以及西部聯合跨部門常設特遣部隊，參見圖1。在平時，除駐日美軍和駐韓美軍兩個分區性質的聯合作戰司令部有著明確且廣泛的作戰指揮授權外，各軍種組成部隊司令在平時還兼任占優勢地位的聯合部隊職能組成部隊司令部（如設立的話）的司令，如太平洋艦隊司令還兼任印太戰區聯合部隊海上作戰指揮官（T-JFMCC），也就是在平時還擔當著印太戰區海上聯合軍事行動的指揮官。

圖1：印太司令部組織結構與指揮控制關系

關于印太司令部空軍部隊的指揮控制，參見圖2。依據2019年4月5日重新認證后的太平洋空軍指示第PACIFI 13-101號《核、太空、導彈、指揮與控制——太平洋空軍的指揮關系》，以及美國空軍參謀長和印太戰區司令的相關指令，太平洋空軍指揮官（COMPACAF）除在平時兼任印太戰區聯合空中部隊指揮官（T-JFACC）外，還兼任戰區空軍部隊指揮官（COMAFFOR）、戰區區域防空指揮官（T-AADC）、戰區空域控制官（T-ACA）和戰區太空協調官（T-SCA），除了對隸屬/配屬印太司令部的空軍部隊行使行政控制權（ADCON）外，還負責印太責任區和阿拉斯加空軍基地的建立、維持、改善和運營，并對除特種部隊外的所有隸屬/配屬印太司令部的空軍部隊行使作戰控制權（OPCON）。

對于隸屬于第11航空隊和第5航空隊的部隊，太平洋空軍指揮官將其行政控制（ADCON）權分別指派給了這兩個編號航空隊的指揮官，但是保留了這些部隊的作戰控制權（OPCON）。而航空隊下屬飛行聯隊的指揮官一般只會被賦予所屬部隊的行政控制權（ADCON），并不會賦予其所屬部隊的作戰控制權（OPCON）和戰術控制權（TACON），除非在任務或演習期間由相應的上級司令部另作規定。對于隸屬的第7航空隊，太平洋空軍司令已將其作戰控制權（OPCON）和行政控制（OPCON）權同時指派給了該航空隊的指揮官。并且依據印太司令部指揮官指示，第7航空隊指揮官還被指定為駐韓美軍的聯合空中部隊指揮官（JFACC）、區域防空指揮官（AADC）、空域控制官（ACA）和太空協調官（SCA）。當美韓聯軍司令部（CFC）成立時，第7航空隊指揮官將被指定為空中部隊指揮官（CACC）。因此，太平洋空軍總部對第7航空隊的行政領導和指揮控制均相對較為松散。

圖2：太平洋空軍司令部組織結構與指揮控制關系

關于印太司令部海軍部隊的指揮控制，參見圖3。太平洋艦隊是美國印太司令部的海軍組成部隊，司令部設在夏威夷珍珠港-希卡姆聯合基地。太平洋艦隊目前編配約200艘艦船/潛艇，近1200架各型飛機，130000多名現役軍人和文職人員。依據太平洋艦隊網站和美海軍2020年2月1日發布的部長指示文件《美國海軍作戰部隊管理組織的標準分配表（OPNAVINST 5400.45）》，目前太平洋艦隊司令部下設作戰、類別和地域三種類型的下屬司令部。其中類別型司令部指揮官主要對所屬部隊行使行政控制權（ADCON），用于履行《美國法典》賦予海軍部的兵力建設與日常管理方面的職能；作戰型司令部，也就是編號艦隊司令部指揮官主要對從類別型司令部配屬的部隊行使作戰控制權（OPCON）或戰術控制權（TACON），用以完成所賦予的軍事任務；地域型司令部主要提供任務支援保障方面的支持。

圖3：太平洋艦隊司令部組織結構與指揮控制關系

太平洋艦隊的作戰型司令部為第3和第7艦隊，這兩個編號艦隊是太平洋艦隊中的常設任務編組力量。依據美太平洋艦隊網站，以國際日期變更線為分界，第7艦隊的責任區西到印巴邊境處向南延伸的印度洋，北到千島群島，南到南極洲；第3艦隊的責任區則主要是太平洋的東部和北部，包括白令海、阿拉斯加、阿留申群島和北極等地區。

依據美海軍2020年2月1日發布的OPNAVINST 5400.45，目前，第7艦隊的主要任務力量是第5航母打擊群、第7兩棲打擊群，以及其它巡邏偵察、后勤支援和基地保障等力量。第5航母打擊群司令還兼任第70特遣部隊的指揮官（CTF-70）、第7艦隊水面艦艇（航空母艦、3艘獨立部署的巡洋艦和第15驅逐艦中隊）的作戰指揮官。第3艦隊的主要任務力量是第1、第3、第7、第9、第11和第15航母打擊群，第3兩棲打擊群，以及其它支援保障力量。除自身承擔一些任務外，在更多時候第3艦隊主要是充當第7艦隊和美國中央戰區海軍第5艦隊輪轉兵力的支援者和提供者。

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